STIE Bulungan Tarakan merupakan peningkatan dari Akademi Manajemen Perusahaan (AMP) Tanjung Selor yang digagas oleh Pemerintah Daerah Kabupaten Bulungan pada tahun 1980 di Tanjung Selor. Peningkatan jenjang program pendidikan yang diselenggarakan AMP Tanjung Selor yang kemudian berubah nama menjadi STIE Bulungan Tarakan dimulai pada tahun 1992 di Tarakan berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 341/DIKTI/Kep/1992 tentang Perubahan Bentuk Akademi Manajemen Perusahaan (AMP) Tanjung Selor menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Tarakan sebagaimana diubah dengan Surat Keputusan Koordinator Kopertis XI atas nama Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Kementerian Pendidikan Nasional Nomor 1498/K11.A/KL/2011 tentang Perubahan nama Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Tarakan menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Bulungan Tarakan. Nama Bulungan yang melekat pada Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi menunjukkan bahwa perguruan tinggi ini diprakarsai dan didirikan oleh Pemerintah Kabupaten Bulungan yang waktu itu masih membawahi beberapa kecamatan, termasuk Kotif Tarakan, Kecamatan Malinau, Kecamatan Nunukan, dan Kecamatan Tana Tidung, dan beberapa Kecamatan lainnya yang kemudian sudah berubah menjadi daerah otonom saat ini.

Sebagai salah satu Institusi pendidikan tinggi program akademik, STIE Bulungan Tarakan menyelenggarakan pendidikan Program Sarjana dengan beban 144 – 160 Satuan Kredit Semester (SKS) dan dapat diselesaikan dalam 4 (empat) tahun bagi mahasiswa yang berprestasi. Proses belajar mengajar di STIE Bulungan Tarakan didampingi oleh 40 dosen tetap dan dosen luar biasa dengan kualifikasi pendidikan Doktor dan Magister yang expert di bidangnya masing-masing.

Komitmen untuk meningkatkan kualitas pelaksanaan Tri Dharma Perguruan Tinggi secara berkelanjutan, STIE Bulungan Tarakan membangun kolaborasi  dengan berbagai perguruan tinggi dan organisasi profesi dalam dan luar negeri. Hasil dari program dan kegiatan peningkatan kualitas pelaksanaan Tri Dharma Perguruan Tinggi yang terus dilakukan mengantarkan STIE Bulungan Tarakan mendapat pengakuan dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) sejak tahun 2002 sampai sekarang. Program Studi Manajemen terakreditasi berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor: 1968/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/S/III/2020, dan Program Studi Ekonomi Pembangunan terakreditasi  berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor: 1064/SK/BAN-PT/Akred/S/IV/2017.

Konsentrasi atau minat studi yang ditawarkan pada program studi manajemen adalah manajemen pemasaran, manajemen sumber daya manusia, manajemen keuangan, manajemen operasional, serta entrepreneurship; sedangkan bagi mahasiswa pada program studi ekonomi pembangunan, konsentrasi yang ditawarkan mencakup ekonomi pertanian, ekonomi regional, ekonomi kependudukan, ekonomi publik, ekonomi internasional dan ekonomi moneter. Sampai pada tahun 2021 ini,  jumlah lulusan STIE Bulungan Tarakan adalah 3.403 orang. Dengan bekal ilmu pengetahuan yang diperoleh melalui proses belajar-mengajar dalam academic atmosphere yang kondusif dan adaptif telah mengantar para alumni STIE Bulungan Tarakan yang menyandang gelar Sarjana Ekonomi (S.E) tersebut telah berkarya di berbagai instansi pemerintah dan swasta serta beberapa di antaranya berprofesi sebagai wirausaha serta politisi di tingkat Kabupaten/Kota dan Provinsi Kalimantan Utara.